Tiago Alencar

Agradeço muito o comentário, abrindo espaço para a discussão séria e concreta.
No entanto, terei que discordar do senhor, pois a sociedade é feita com base na maioria, ou seja, elege-se os votados pela maioria, compra-se e vende-se o que a maioria compra e vende e por ai vai. Neste sentido, a Constituição, observando esta peculiaridade que a sociedade desencadeia, e posteriormente o legislador ordinário (in casu da cidade de São Paulo, conforme modelo acima) teve a preocupação de proteger o pequeno grupo que não adere aos conceitos da maioria (grupos religiosos que guardam dias de culto), não para afrontá-los, mas para garantir que seu direitos de consciência e de crença fossem igualmente respeitados por todos.
O direito de consciência é um direito que advém, como visto pelo modelo supracitado, de tratados, convenções, declarações internacionais e dentre elas, não podemos negar o peso jurídico-filosófico da Declaração Universal dos Direitos Humanos que expressamente garante a proteção do mesmo.
Isso nada mais é do que a democracia sendo aplicada.
Imagine, pois, se a religião não pudesse ser observada do jeito que ela é ensinada, ou seja, você poderia até ter uma religião, mas teria que ser do jeito que o que esta no "comando" quiser. Isto seria retrógrada e arrisco até a dizer que abriria brechas legais para uma perseguição religiosa brasileira!
Ora, a Constituição Federal não está a discriminar nenhum cidadão, muito pelo contrário, busca harmonizar as suas desigualdades. Rui Barbosa uma vez disse: "A regra da igualdade não consiste senão em quinhoar desigualmente aos desiguais, na medida em que se desigualam. Nesta desigualdade social, proporcionada à desigualdade natural, é que se acha a verdadeira lei da igualdade... Tratar com desigualdade a iguais, ou a desiguais com igualdade, seria desigualdade flagrante, e não igualdade real."